快速赛车群注册:CRISPR/TALEN 插入缺失檢測體系

介紹

GeneCopoeia 開發的 IndelCheck™ CRISPR/TALEN 插入缺失檢測體系能為您的基因組編輯研究提供強大的助力。 IndelCheck 檢測體系主要可用于以下兩方面應用:

  • CRISPR sgRNA 或 TALEN 功能驗證圖 1) :在進行需時較長的基因組編輯項目之前(基因組編輯細胞株通常需時3-6個月,基因組編輯小鼠模型通常需時6-9個月),先進行功能驗證預實驗能排除剪切效率不佳的 CRISPR sgRNA 或 TALEN設計,節省大量實驗時間。
  • 篩選基因敲除或敲入陽性的單克隆細胞株圖 2)。
   

優勢

  • 簡化您的 CRISPR/TALEN 功能驗證及基因敲除克隆篩選
  • 靶點序列 PCR 擴增能力強大,無需分離基因組 
  • 優化過的 T7 核酸內切酶 I 檢測系統,含陽性對照,易于上手

 

應用 1: CRISPR sgRNA/TALEN 功能驗證

圖 1. 使用IndelCheck™體系對 CRISPR 或 TALEN 進行功能驗證。收集經 CRISPR 或 TALEN 轉染的細胞,并針對靶點序列設計引物,使用靶點 PCR 試劑盒(1)擴增經過 CRISPR/TALEN 擴增的靶點序列。所得的 PCR 產物經解鏈退火生成雜交 DNA 雙鏈產物,其中部分部分可能存在錯配,可以被 T7 核酸內切酶 I 試劑盒(2)酶切檢出。如果 CRISPR/TALEN 對基因組的編輯功能是陽性的,錯配酶切所產生的條帶可以通過電泳跑膠觀察到。

 

應用 2: 篩選 CRISPR 或 TALEN 介導的基因組修飾

圖 2. 使用 IndelCheck™ 體系篩選帶有目的基因組修飾的單克隆細胞株。接種經 CRISPR 或 TALEN 轉染的細胞并挑取單克隆細胞株,然后針對靶點序列設計引物,使用靶點 PCR 試劑盒(1)擴增經過 CRISPR/TALEN 擴增的靶點序列。左側的流程用于篩選非同源末端連接(NHEJ)機制介導的基因敲除克隆,利用 T7 核酸內切酶 I 檢測試劑盒(2)對靶點 PCR 產物進行錯配酶切,檢測NHEJ機制引入的插入缺失突變;檢測陽性的 PCR 產物通過靶點 PCR 克隆試劑盒(3)裝載體送測,對引入的突變進行測序確證。右側的流程用于鑒別基因敲除或基因敲入修飾,使用靶點 PCR 克隆試劑盒(3)將靶點 PCR 產物裝載體送測,檢測和確證靶點引入的基因組修飾。

 

以下圖片是使用 IndelCheck™ 靶點 PCR 試劑盒及 T7 核酸內切酶 I 檢測試劑盒進行的一個典型的功能驗證實驗的結果:

(A)
    M      –       +
(B)
   M      –        +

圖 1. T7 核酸內切酶 I 酶切基因組PCR產物。該基因組經CRISPR-Cas9編輯。 對照細胞(-)的酶切產物應只有一條帶,對應沒有被切開的基因組PCR產物。轉染了有活性的CRISPR-Cas9克隆的實驗組(+),酶切產物跑膠出現3條帶:1條來自未被編輯的細胞的基因組PCR產物,其余兩條較短的條帶為長度符合預期的錯配酶切產物。 

 

訂購

IndelCheck™ CRISPR/TALEN 插入缺失檢測體系2.0版 

購買 貨號 產品 描述 價格
IC001 IndelCheck™ CRISPR/TALEN 插入缺失檢測體系 (50 個反應) 包含靶點 PCR 試劑盒 (IC003)及 T7 核酸內切酶 I 檢測試劑盒(IC005) 1100
IC002 IndelCheck™ CRISPR/TALEN 插入缺失檢測體系 (200 個反應) 包含靶點 PCR 試劑盒 (IC004)及 T7 核酸內切酶 I 檢測試劑盒(IC006) 3400
IC003 靶點PCR 試劑盒(2.0版),50 個反應 PCR 擴增基因組上的靶點序列,產物用于后續 T7 核酸內切酶 I 檢測及靶點測序。 900
IC004 靶點PCR 試劑盒(2.0版),200 個反應 PCR 擴增基因組上的靶點序列,產物用于后續 T7 核酸內切酶 I 檢測及靶點測序。 2600
IC005 T7 核酸內切酶 I 檢測試劑盒,50 個反應 使用 T7 核酸內切酶 I 剪切錯配的PCR產物,以檢測 CRISPR/TALEN 介導的插入缺失突變。 600
IC006 T7 核酸內切酶 I 檢測試劑盒,200 個反應 使用 T7 核酸內切酶 I 剪切錯配的PCR產物,以檢測 CRISPR/TALEN 介導的插入缺失突變。 1800
IC007 SmartJoin? 平末端靶點 PCR 克隆試劑盒,20個反應。 將平末端靶點 PCR 產物克隆到載體,以便進行測序確證。 500
IC008 SmartJoin? 平末端靶點 PCR 克隆試劑盒,100個反應。 將平末端靶點 PCR 產物克隆到載體,以便進行測序確證。 2100

 

IndelCheck™ CRISPR/TALEN 插入缺失檢測體系(2.0版)
靶點 PCR 試劑盒(2.0版) 直接擴增靶標基因組序列,無需裂解細胞。
  • Lysis Buffer
  • 2 x SuperHeRo PCR Mix

*試劑盒不含靶點PCR特異引物。但我們可以為您定制該引物。

T7 核酸內切酶 I 檢測試劑盒 酶切經過解鏈和退火的PCR產物。T7 核酸內切酶 I 識別并剪切錯配的DNA。
  • T7 endonuclease I
  • 10 x T7EN buffer
  • Control template/primer mix
靶點 PCR 克隆試劑盒 將靶點 PCR 產物連接到載體,方便送測。
  • 10 x Ligation Buffer
  • T4 DNA ligase
  • Blunt-end Linear Vector
  • Control Insert
  • PCR primers

 

資源

用戶手冊

用戶手冊2.0版

用戶手冊1.0版

 

MSDS

IndelCheck™ 檢測體系物料安全數據表(1.0版)

 

技術說明

 

IndelCheck™: A Powerful CRISPR/TALEN Validation & SCreening Tool

 

 

FAQs

答:a) 轉染效率。如果 CRISPR 或 TALEN 質粒進入的細胞所占的比例很低,那試劑盒檢測到修飾的幾率也會相應降低。b) 靶點 PCR 的效率。如果 PCR 產量低,您需要保證酶切和上樣量里有足夠的錯配 DNA 才能觀察到剪切條帶。如果 PCR 產量不足,您需要擴大反應體系并濃縮產物。同樣重要的還有當您進行錯配酶切產物跑膠時,T7 核酸內切酶 I 產物樣品與未經酶切的對照樣品 DNA 總量要保持一致。

答:該陽性對照是兩個部分錯配的模板以及一對引物的混合物。在完成基因組 PCR 擴增后,您可以將這個對照的 520 bp 擴增產物進行解鏈和退火,從而生成帶有錯配的雜合 DNA,然后將這個產物用作酶切底物。T7 核酸內切酶 I 能夠識別并剪切錯配雜合 DNA,生成分別為 180 bp 和 340 bp 長的兩個酶切片段。 這兩個片段可以通過 2% 瓊脂糖凝膠分離。

答:我們的試劑盒適用于擴增大小在 3000 bp 以內的靶點序列。(我們測試時的最長擴到 2500 bp,但并沒有進一步試驗擴增更大的片段)。如果您是希望為隨后的克隆準備 PCR 擴增產物,我們建議您使用更高保真性的 DNA 聚合酶——如UltraPF——來進行。在為您的基因組 DNA 擴增設計特異引物時,我們建議您將 Tm 值設在 62℃ 以上。

答:試劑盒默認是不包含靶點特異 PCR 引物的。您可以選擇在訂購試劑盒或其他 CRISPR/TALEN 試劑的同時訂購該引物。我們會收取相應的費用。

答:不需要。這套錯配酶切檢測體系除了可以在分離單克隆細胞系后用來篩選插入缺失修飾陽性的克隆,還能在分離單克隆細胞系前對 CRISPR 或 TALEN 進行功能驗證。

答:可以。不過所得的結果應該根據轉染效率進行調整。例如,如果你的跑膠結果顯示的剪切效率為 25%,而你的轉染效率是 50%,那實際上的剪切效率約有 50%。此外,點樣時要注意對照孔加入的未經酶切的 DNA 量應與樣品孔的 T7 核酸內切酶 I 酶切產物 DNA 量保持一致。

相關服務

GeneCopoeia 也提供 CRISPR/TALEN 驗證服務。該染色體水平驗證服務使用 IndelCheck CRISPR/TALEN 插入缺失檢測體系。我們會在HEK293細胞系(人類)、NIH3T3細胞系(小鼠)或您所指定的細胞系中驗證您從我們這里訂購的CRISPR/TALEN克隆的功能。聯系本服務請致信 [email protected] 或致電 4006-020-200.  

 

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